過去の裁判からも、調査報告書の証拠能力は高いと見なされていますからね。
相手の「不正をしていないのは調査報告書からも明らか」という主張がすでに破たんしています。

小保方は、認定された不正にはなるべく触れないできたし、
日記あたりから徐々に事件離れを狙ってきたと思うので、掘り返されたら困るでしょうね。