まず、Li氏の細胞の小保方氏の無断所持は過失か、故意かは別にして、真実です。これは窃盗容疑をかけられても仕方ない話になります。最低限、小保方氏は納得のいく形で細胞所持者、管理者に説明する必要があるでしょう。
ただし、警察が刑事告発を受理、検察の容疑が残った状態の嫌疑不十分の不起訴ということは、明らかに小保方氏側が十分に説明できて無いことを意味する。
これは重大な誤認を与えたと考えるにしても、小保方氏側の対応に問題があることにもなります。