つか、傷病手当金の申請には、対象期間を欠勤している証明を会社が出して添付しなきゃいけない
なので、通常は勤怠の締日を過ぎないと処理できない
ごく小規模な事業所で手作業で勤怠集計してるとかならともかく、普通はシステム上締日過ぎないと勤怠データ出せないからね
つまり、傷病手当金の申請タイミングと勤怠締日のタイミングを合わせるのがベター

てかこのあたりは基本なので総務担当者から説明してほしいところだなあ