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だから生存してる系統は遺伝学等が使えるんで化石が決定的証拠になるかは怪しくなってるが、
絶滅しちゃってる系統が相手ではそうはいかないんだって言ってるでしょ。

単弓類と双弓類はどっちも健在で、現生の発生学や解剖学、遺伝学からのアプローチが今もどんどこ研究されて、
化石証拠の補強にもなってるでしょ。（というか羊膜類って名前からして化石的な証拠からじゃないんだが）

恐竜と鳥の関係だと、恐竜は絶滅していなくなってるから、遺伝子等では探れない。
だから化石が決め手になったのは、そりゃ当然だとはいえる。