性別によって扱いが異なるのは、刑事訴訟法や犯罪捜査規範による。

裁判所が捜索・身体検査すると決めた場合、
対象が女子の場合は立ち会いが必要。(刑訴法115条・131条)

警察が捜索・身体検査すると決めた場合も、
令状(218条)・逮捕(220条)どちらによるとしても、
対象が女子の場合は立ち会いが必要。(刑訴法222条)

裸にする身体検査は、承諾があっても
令状・逮捕によらなければしてはならない。(犯罪捜査規範107条)

職務質問に当てはめると、
所持品検査について、拒否され令状による場合、女性の立ち会いが必要。
注射痕の確認について、服で隠れている部分も確認しようとすると、
承諾があっても、令状請求・女性の立ち会いの両方が必要。


刑事訴訟法

第115条
女子の身体について捜索状の執行をする場合には、
成年の女子をこれに立ち会わせなければならない。
但し、急速を要する場合は、この限りでない。

第131条
1.身体の検査については、
　これを受ける者の性別、健康状態その他の事情を考慮した上、
　特にその方法に注意し、その者の名誉を害しないように注意しなければならない。
2.女子の身体を検査する場合には、
　医師又は成年の女子をこれに立ち会わせなければならない。

第222条(捗)
1.第115条の規定は、検察官、検察事務官又は司法警察職員が
　第218条、第220条及び前条の規定によってする押収又は捜索について、
　第131条の規定は、検察官、検察事務官又は司法警察職員が
　第218条又は第220条の規定によってする検証についてこれを準用する。

犯罪捜査規範(国家公安委員会規則)
第107条
女子の任意の身体検査は、行つてはならない。
ただし、裸にしないときはこの限りでない。