余計な情報のないフラットなzipにするには
KindleUnpackなり、calibreで変換(ebook-convert)した後でunzipして加工してzipに戻せばいい

Unpackの場合なぜか画像ファイル名の連番が1から始まらないのでそこを揃えたいときはちょっと面倒