基板についてるベタベタのシリコンゴムを綺麗に落としたいのですが
シリコンクリーナーの成分を調べてたらポリジメチルシロキサンでした。

シロキサンは蒸発した後に絶縁体の膜を作るのですよね？
リレー等はないので表面上はどこを絶縁されても大丈夫ですが
洗浄目的で使っても基板にダメージないのかと少し心配していますがどうでしょうか。
コンタクトレンズにも使われてるので人には無害な成分です。