> Arduino as ISP でブートローダを書き込んでいます。
この書き方だからそこが違う気がするんだよな

作業の順序としては
１　何も配線していない状態で>>243の画像の左上のボードにArduinoISPを書き込む
2　配線する
3　Arduino as ISP としてブランクのmegaに書き込む
ってなる。1はした？