むしろ光太郎は自分が脳まで改造されてない半端者(仮面ライダーBLACK)で良かったと誇りに思ってるのでは？

あの台詞が光太郎に刺さったのは無二の親友を救えなかったどころか人類のため絶対に葬らなくてはいけない段階にまで事が悪化したうえ
その心のブレを(隠しておきたかったのに)親友本人から末期に指摘されたからで、人外故の苦悩云々はあの場面では関係ないかと