http://www.dj-benri.com/network_news/detail/1675/

これ見る限り、二部出身の履歴書は
東京理科大学工学部第二部(現・工学部)建築学科 卒業
または、
東京理科大学工学部第二部(2016年より工学部に統合)建築学科 卒業

になるようですね。

どちらの表記が良いのでしょうか?

ちなみに推薦で同大学院も修了してる者です。