本人に聞け
使うプライマーにもよるがPCRの
ほうが挿入の向き、インサートが特異的かどうかわかるから手間的にはむしろ減る。
どうせあたりっぽいものはシーケンスまでまわさないとなので確度の高い選別をしたほうが良い。