一本100万円/年の根拠は？

事の成り行きによってはこういう見積もりもある。
http://www.enecho.meti.go.jp/rw/hlw/qa/jissi/jissi01.html
＞高レベル放射性廃棄物（ガラス固化体）約4万本（平成32年頃までに原子力発電で使用す
＞る燃料を全て再処理した場合の本数に相当）の処分に必要な費用は約3兆円と見積もられ、

この場合、廃棄するのだから管理の手からは離れる。
単純に数千万年のあいだ人間が管理するのとはシナリオが異なる。