20種類の世界ランキングを用いて作成しているが、
TOP3は東大京大阪大

【2017年版世界大学ランキングにおける日本国内順位の総合評価】.
●:国立大学、▲:公立大学、○:私立大学、入:ランクイン数、順:国内順位平均

１位：●東京大学 （入20、順1.1）
２位：●京都大学 （入20、順3.2）
３位：●大阪大学 （入20、順4.2）
４位：●東北大学 （入20、順4.5）
５位：●東京工業大学 （入19、順5.9）
６位：●名古屋大学 （入18、順6.2）
７位：●九州大学 （入20、順7.6）
８位：●北海道大学 （入20、順8.3）
９位：●筑波大学 （入18、順9.8）
10位：○慶應義塾大学 （入20、順10.0

Natureによる2017日本研究機関ランキング　　　　　　　　

01位：東京大学　　　　　　　　　　
02位：京都大学　　　　　　　　　
03位：大阪大学　　　　　　　　　
04位：東北大学　　　　　　　　　
05位：理化学研究所　　　　　　　
06位：東京工業大学　　　　　　　
07位：名古屋大学　　　　　　　　　
08位：九州大学　　　　　　　　　　
09位：北海道大学　　　　　　　　　
10位：物質・材料研究機構　　　

Nature Index 2017 Innovationランキング

01位「大阪大学」
02位「理化学研究所」
03位「京都大学」