宿舎家賃は法律や政令で定められているから闇給与ではない。


・参考になると思われる法令

所得税法９条１項６号
同施行令２１条４項
（非課税とされる職務上必要な給付）
第二十一条 　法第九条第一項第六号 （非課税所得）に規定する政令で定めるものは、次に掲げるものとする。
一〜三（略）
四 　国家公務員宿舎法 （昭和二十四年法律第百十七号）第十二条 （無料宿舎）の規定により無料で宿舎の貸与を
受けることによる利益　”その他給与所得を有する者でその職務の遂行上やむを得ない必要に基づき使用者から指定された
場所に居住すべきものがその指定する場所に居住するために家屋の貸与を受けることによる利益”

↑の”その他〜利益”の部分が、↓によって計算した有料宿舎賃貸料と民間賃貸料相場の差額は
所得税法上非課税であるっていう根拠になるのだろう。


国家公務員宿舎法１３条、１５条
同施行令１３条、１４条



ちなみに民間の場合は転勤とかの一時的な費用は所得税法上非課税だが、
家賃の場合、安すぎる家賃としてみなし課税の対象となる経済的利益
が有るかどうかの計算方法は所得税法基本通達
（36-40から36-48まで）で定められている。

〔給与等とされる経済的利益の評価〕（国税庁HP）
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/shotoku/05/04.htm