公文書改竄への捜査・処罰

会計検査院による違法認定
この改竄の公表を受け、内閣から独立した調査機関である会計検査院は追加検査を行い、
翌2018年（平成30年）11月に「財務省が改竄文書を会計検査院に提出した行為は違法である」と認定した

検察による不起訴処分
大阪地方検察庁特捜部はこれらの土地取引や改竄事件などについて、「背任罪」や
「証拠隠滅罪」「公用文書毀棄罪」「虚偽公文書作成罪」などの6容疑の告発を受けて捜査を行っていたが、
2018年5月、捜査対象とした佐川ら38名全員を「不起訴処分」とした。

特捜部長であった山本真千子は、不起訴としては異例の記者会見を開いた。
山本は値引きの根拠とされたゴミ処理費用について「不適切だと認定するのは困難」、
改竄事件について「虚偽の内容の文書が作られたかという観点から検討したが、認めることは困難」と説明した。
詳しい経緯は明かさなかった。

不起訴処分への抗議
この不起訴処分に対して、大阪や東京の市民団体などが抗議の申し立てを行った。
翌2019年（平成31年）3月、大阪第一検察審査会は、不起訴には納得できないという「不起訴不当」を議決した。
同審査会は、不起訴となった38人のうち、財務省近畿財務局および国土交通省大阪航空局の職員4名を「背任罪」について、
また佐川ら財務省の職員6名を「有印公文書変造・同行使と公用文書毀棄の罪」について、合計10名を「不起訴は不当である」とした。

再度の不起訴処分、捜査終了
上記の「不起訴不当」議決を受け、大阪地方検察庁特捜部は10名について再び捜査を行った。
しかし、5ヶ月後の同2019年（令和1年）8月、全員を再び「不起訴処分」とした。
この二度目の処分により、本事件の捜査は終結した。

財務大臣による再調査の否定
2021年（令和3年）6月、公文書改竄に関して、2018年3月7日に自殺した
財務省職員が記録していた新たな情報が公開された。
これに対して、財務大臣であった麻生太郎はさらなる調査の可能性を否定し、
「財務省としてできる限りの調査は尽くしている」と述べた。