個室料金について十分に病院側から説明がなかったのが事実なら最寄りの厚生局に話を持ち込めば支払った分も変換されるんじゃない？
でも入院期間が長いのにその間に何のアクションも起こさず(早い時期に知り合いの看護師さんから個室料金の仕組みは教えて貰ったんだよね？)請求が来てから払いたくないってのもどうかと思う
ってか月を跨ぐ入院の場合、月末でいったん精算するのが普通じゃないの？