これ↓一行書いたテキストファイルを適当な名前(例えばmobigen.bat)でデスクトップに保存
for %%a in (%*) do "C:\Program Files (x86)\kindlegen.exe" %%a -c2
ドラッグ&ドロップすれば順番に変換してくれる
1万個とか大量だとわからないが100個位なら大丈夫だと思う
calibreでうまくいかないのは調べたことがないので詳しくはわからないが
calibreは対応がepub2止まりなので日本語書籍のepub3の変換に不具合があるのかも
epub->mobiもそうだけどmobi -> epubもいろいろ不具合出るので使わない方が良い
(mobi -> epubはkindleunpackがおすすめ)
