jpgフォーマットには2値というモードはない
jpgにした段階で必然的にフルカラーかグレー256色のどちらかに固定される
PDFから抽出するときはTIF(FAX)形式を選んで取り出す

ここの人はほとんど2値は使わないので白黒にこだわっている限り同意を得るのはむづかしいと思う
あとScanSnapは600dpiより300dpiのほうがシャープ強めに出るはずだけど取り比べてみた？