なんとなくよく分かってない人が書いた仕様書に振り回されてる気がするけど
どうしてもその仕様書の変更要請せず貫くなら、俺は手っ取り早く入力２つ使う方に舵を切る
立ち上がりI0 立ち下がりI1のように交互に割り込ませた方が手っ取り早い
割り込みはハードの仕様が支配的だからシミュレーションに頼らず
実機でよく検証した方がいい。通信あるならそれの妨げにならないかも含めて念入りに