Atmel Studioでの中断点設定はﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ ﾒﾓﾘにBREAK命令を挿入します。
BREAK命令で置換した(元の)命令は保存されます。
ﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ実行が継続されるとき、ﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ ﾒﾓﾘから継続される前に保存した命令が実行されます。
一時停止(ﾌﾞﾚｰｸ)はﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑにBREAK命令を置くことによって手動で挿入できます。

「挿入」とあるからBP以降ずれるんかな、ぜんぜんイメージがつかめん
PCのゲーム改造とかだといじりたい箇所の3byteをワークにコピーしといてそこにjmp命令書いてワークに飛ばす
そこでイケナイコトをして（DVDのマウントフラグ立てるとかね）コピーしといた命令を実行して戻るとかそんな感じなので「置き換え」なんだけど