画像を見る限り、伝送路長そうだし、フラットケーブルで他ライン間の容量成分でかそうだしなー
自分なら
・フラットケーブル止めて、単線でラズパイ〜ブレッドボードを繋ぐ
・できればセンサモジュールはブレッドボードに直接刺す
（可能なら秋月の細ピンヘッダに交換）
・ブレッドボード上の配線はサンハヤトのブレッドボード用ジャンプワイヤで繋ぐ
・プルアップ抵抗は伝送路の長さ、容量に合わせて調整
（長くなるなら容量大きくなるんで、小さく。 けど小さくしすぎる >>322 さんの言う通りGNDレベル上がるよね）
あとはCCS811とBME280のI2Cアドレスは違ったんだよね？
