適当にググったのも含めてまとめると候補はこんな感じかな

PlanA オンボードGbE&USB 3.x
 Rock64
 ROC-RK3328-CC
 追加でUSB3.x HUBとUSB3.x to SATA変換と変換の電源制御回路が必要
PlanA' オンボードGbE&USB3.x×n
 Banana Pi BRI-R2 (USB 3.0×2)
 nストレージまではUSB 3.x HUBが不要になる

PlanB オンボードGbE&PCI Express
 RockPro64
 NanoPC-T4
 Firefly-RK3399
 Banana Pi BRI-R2
 Friendly NanoPi M4
 追加でPCIe to SATA変換が必要

PlanC PCI Express&USB3.x
 rock960
 追加でPCIe to SATA変換とUSB 3.0 to GbE変換が必要

可能性はあるが現実的ではない物
オンボードGbE&SATA+PMP
 PMPの入手性が難&ホットスワップできるか不明

あれば便利だがどうにもなさそうなの
 SATAを複数ポート装備

レガシーなペリフェラルは未考慮。NanoPi M4もRockPro64もADCがなさそう
この中だとPlanBのNanoPi M4が良さそうだけど国内では売っていないような・・・