割り込みの処理の組み方がわかりませんというか

10ms毎の割り込みで2ポートad変換してそれぞれの値を変数に取り込み、5回移動平均した値を100ms毎にシリアルで送りたいんですが、どのように処理したら良いでしょうか。
MsTimerで10msごとに割り込み処理を起動させようと思っています。その処理の中でad 変換と移動平均計算するとこまでは良いのですがシリアル送信は何処で処理すれば良いでしょうか