あ、すみません、そのリンク先へ誘導したの私でした。
私もAｒduinoのタイマー詳しくないんで迷惑かけてるかも…。

いずれにしても、D3ピンのPWMで音を鳴らしているからTimer2を使っていると思う。
なので、LEDの方はTimer1を使えばいいと思う。
TimerOneというライブラリを探してみて下さい。