素直にプログラムを書けば、割込み関連のフラグのセット／リセットでそんなに悩む事は無いと思うけどナ。
割込み要求フラグの大原則は
「割込みを使えば自動的にリセットされ、使わないときは自分でリセットする」
です。
通信ハードエラー（フレーミング、オーバーラン、パリティ）発生フラグに関しては、
受信完了フラグが立ったら、通信エラーフラグが立っていないかどうかをチェックし、
立っていれば必要なエラー回復処理を行う。
立っていなければ受信データを読み取って処理する。
かな。
割込み開始時に、すでに割込み要求が発生しているなら（例えば通信でデータを受信済みなら）、
そのデータを捨てるか取り込むかはプログラムの仕様次第です。
不要なら要求フラグをクリアしてから割込みを許可します。
