ArduinoMegaの回路図
ttps://www.arduino.cc/en/uploads/Main/arduino-mega2560_R3-sch.pdf
Arduino純正モーターシールドの回路図
ttps://www.arduino.cc/en/uploads/Main/arduino_MotorShield_Rev3-schematic.pdf

モーターの電源は、モーターシールド上のネジ端子のVin(LSP5)か
(VIN-CONNECTが切断されてない場合は)Arduino本体のVINから供給されてるから
5Vのレギュレータどうこうは関係ないんじゃないかな

もっとも、それだとUSBからの電源供給でモーターが回るのが不思議なんだけど
誰か説明して