カウンタ割り込みの優先度を上げるとか
UARTの受信割り込みの優先度を下げるとか
そもそもUARTの受信は割り込み使わずポーリングするとか
http://www.cypress.com/documentation/application-notes/an54460-psoc-3-and-psoc-5lp-interrupts