WAONのオートチャージは決済しようとする時に、
残高-決済額<実行判定額
となった場合、【決済が行われる前に】、
・入金実行額
・50000-残高
のいずれが大きい額が入金されます。

...というわけですので、個人的には、実行判定額1,000円、入金実行額49,000円をおぬぬめ。