読み取り機だけの問題ではなくPOSシステムのサーバーやプログラムにも問題あるんじゃね？
カードリーダーだけ換えるとか一筋縄には行かないと思う。
ローソンとかFelicaポイントカード情報が無いかも見に行ってるんだと思う。