靴用洗剤で洗えばいいんじゃね？
自分は壮絶に臭くなった靴を全部（革靴やブーツも）丸洗いした
インソールや靴紐も洗ったり交換したり

たまにちょっとずつ洗ってもダメだったのが
一度に全リセット丸洗いしたらその後はかなり改善された
（もちろん足自体も頑張って洗ってる）
たぶん靴のローテーションで汚れや匂いもローテーションされてたんだと思う