たんぱく質=アミノ酸+アンモニアなのでアミノ酸が代用品になります。
腸壁やその他の材料として体に必須なものです。
プロテインは筋肉のスレで、悪臭の原因で有名なようです。
臭わなかった知人も、プロテインをとりはじめてから臭うようになりました。
その他、完全な菜食になると、ビタミンB等が取れなくなるので、マルチビタミン等をとる必要があります。

味噌についての知識はありませんが、私は安心できるもの以外とっていないので、避けています。

調味料は、塩の他に、純粋な出汁、ハーブ類、梅干し、ごま、鰹節、生姜、酢、レモン汁、紫蘇等があると思います。

とにかく余計なものはとらないことと、
尿が臭わないくらい水で流すこと、
体を暖めることで普通の人の体に近づけることだと思っています。
私はこれで劇的に 長年悩んできた体臭と舌の荒れ(白い舌は消化機能の低下の表れ)が改善しました。
長文に目を通していただいてありがとうございます。

水もできれば浄水器で塩素(腸内細菌を殺してしまい良くない)等を取り除くか ミネラルウォーター等にするとなお良いようです。