日本政府が「沖縄は日本固有の領土」と言えないのは、沖縄はかつて琉球王国という独立国だったから。
沖縄県庁のホームページにも「かつての沖縄は、琉球国王の治める独立国であり・・・・・・」と書かれている。

ソース
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「かつての沖縄は、琉球国王の治める独立国であり・・・・・・」
http://www.pref.okin.../okinawanosugata.pdf

（沖縄県庁のホームページから抜粋）