画像結合で完璧な仕上がりを目指すならややはりHuginが良さそう
https://hugin.sourceforge.io/tutorials/scans/en.shtml
こいつも本来はパノラマ画像合成用のソフトだけど
スキャン画像結合のチュートリアルのページと結合練習用のサンプル画像までご丁寧に用意してあるから用途として十分想定されていると言えるのではないか
MS ICEと比べて設定項目が細かく弄れるのもいい